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2024年 1月の東京都における新型コロナウイルスのゲノム解析結果

　系統樹はウイルスの進化（変化）の流れを示すものです。下の系統樹は東京都内で検出された新型コロナウイルスの全遺伝子領域（約30,000塩基）について解析を行い、得られた塩基配列を元に作成しています。当センターでは新型コロナウイルス遺伝子の全領域について遺伝子解析を行い、都内に流行する株の遺伝子系統の確認と新たな変異株の出現を監視しています。

　下の系統樹は東京都内2024年1月に当所からGIASIDに登録した新型コロナウイルスの全遺伝子領域を基に系統樹解析を行ったものです。

　BA.2.86.1の子孫系統である JN.1系統派生変異株は世界中で流行がみられており、東京でも12月初旬から急激に検出割合が増加し、既存のEG.5.1（ XBB.1.9.2.X ）系統は減少しています。下記系統樹のJN.1系統の変異株は128検体に達し解析検体の6割以上を占めています。またJN.1から派生した変異株JN.1.1、JN.1.4の割合も増えています。

系統樹詳細データ

・系統樹全体表示・JN.1（BA.2.86.1.1）系統樹表示・HK.3(XBB.1.9.2.5.1.1.3）

新型コロナウイルスの系統名はPango命名法*に従いNextcladeを用いて決定し、系統樹作成にはMEGAを使用しています。（2月14日解析）（注：*この分類番号は頻繁に変更さています。）

2023年12月の東京都における新型コロナウイルスの全ゲノム解析

　12月に入ると欧米で流行していたBA.2.86系統の変異株JN.1が東京都でも急激に増加しています。JN.1株は様々な亜種を生み出しながらそれまでの主流行株であったEG.5.1系統でに代わりつつあります。JN.1は免疫回避能力に優れているとの報告が上がっています。

　12月の新型コロナウイルス系統樹ではまだEG.5.1系統が優勢に見えますが、次世代シークエンサーを使用した全ゲノム解析とデータ登録には多くの時間が必要なことを考慮すると、現在急激に報告数が増加しているJN.1はデータの反映に今少しの時間が必要と思われます。

※見やすく表示するため近似の型については三角形▲で簡略表示しています。（全体を表示）

　▲EG.5.1系統（89検体）の詳細データを表示　▼BA.2.86系統（48検体）の詳細データの表示

2023年7月～8月に東京都で検出された新型コロナウイルスの全ゲノム解析

　下の系統樹は東京都内2023年7月から８月までに東京都で採取された検体を当所にて解析しGIASIDに登録した新型コロナウイルスの全遺伝子領域について解析を行ったものです。新型コロナウイルスの系統名はPango命名法に従いNextcladeを用いて決定し系統樹はMEGAで作成しています。
（注：この分類番号は新しい株の出現によって頻繁に変更されます。）

総解析ゲノム数が多いので、同一の型については三角形（▲）で省略表示してあります。▲型の詳細は右の系統名をクリックすることでご覧いただけます。（全表示系統樹）

系統樹の一番上にある▼で示されたXBB.1.9.2は子系統にEG系統を持ち、今世界で流行中のEG.5系統がこの三角の中に含まれます。また、XBB等のリコンビナント株以外からの従来系であるBA.5.3.1やBA.2.75系統も検出されていますが、これらの株も長い時間をかけて多くの変異を受け続けていたことが現在の名称から伺えます。

2020年～2021年８月までに都内で検出された新型コロナウイルスの系統樹　（アーカイブ）

系統樹はウイルスの進化（変化）の流れを示すものです。下の系統樹は東京都内で検出された新型コロナウイルスの全遺伝子領域（約3000塩基）について解析を行い、得られた塩基配列を元に作成しています。ここに掲載されているのは2020年1月から2021年8月までに得られたデータから抜粋して集計したもので、都内で検出された株には「Tokyo＋番号」が付けてあります。

△ 系統樹全体表示　▲B.1.1型（B.1.1.214　B.1.1.284）▲R.1型(E484K変異株）▲B.1.1.7（アルファ株）▲デルタ株（AY亜型を含む）　▲B.1.1.529（オミクロン型）

　系統樹の大きな三角形B.1.1に含まれるB.1.1.284と、B.1.1.214 は国内における第2波、第3波に大きく関わっていた株で、日本由来の株とされています。また、2021年1月中旬頃からR.1（E484K単独変異株）が検出されましたが、6月以降は検出されていません。（当センターにおける新型コロナウイルス変異株のスクリーニング検査結果について）

　　デルタ株については2021年11月から150種類以上のAY型区分が導入されより細かい分類が行えるようになりました。この変更はデルタ株の感染と蔓延を追跡する為に規定されたもので、各型の感染症的な差異を表すものではありません。

変異株の中でもVOC（Variant of Concern：懸念の変種）に分類される株は国際的に警戒すべきウイルスとされており、WHO（世界保健機構）によって、アルファ株、ベータ株、ガンマ株、デルタ株（AY亜型を含む）の4種に新たにオミクロン株（B.1.1.529と亜型のBA系統を含む）が指定され、都内でも12月下旬頃からBA.1.1型による患者数の著しい増加が続いています。

オミクロン株のBA.2亜型について一部で「PCR検査で検出できない」等の報道がある様ですが、これは外国の一部で用いられている遺伝子の欠損部分を検知するタイプのPCR検査系を用いた場合にのみ起きる現象で、当所を含めた国内の主なPCR検査においては問題なく感知することができます。