当センターでは、2020年12月からリアルタイムPCRによる新型コロナウイルスの変異株スクリーニング検査を行っています。この検査はアルファ株（B.1.1.7）、ベータ株（B.1.351）、ガンマ株（P.1）のスパイク蛋白に共通して現れるN501Y変異、ベータ株、ガンマ株、R.1株に見られるE484K変異、デルタ株（B.1.617.2）に現れるL452R変異の有無を確認していました。
出典：第62回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和3年12月8日）資料
参考： 研究年報 第72号リアルタイムPCR法を用いたSARS-CoV-2変異検出法の検討
オミクロン株への対応
また新たな変異株、オミクロン株の発生の報告を受けてセンター独自の変異株PCR検査手法を開発し、2021年12月3日より当該ウイルスの検査を開始しました。この方法ではL452R，N501Y，E484Aの変異の有無を検出することで新型コロナウイルスがミクロン株、デルタ株、アルファ株のいずれかを推定することが可能となりました。
新型コロナ保健医療情報ポータル 
変異株情報 オミクロン株に関する情報ページより
BA.2系統オミクロン株への検査対応について
（第79回）東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議資料変異株PCR検査について 
より
2021年12月7日にコロナウイルスの命名委員会に提案された「新たに特性解析された兄弟系統を組み込むためのB.1.1 .529の分割案＃361」によりオミクロン株はBA.1・BA.2の2系統に分類されました。当所ではBA.2系統が一部の国や地域で流行している事を受け、BA.2系統のPCR検査法を独自に開発し、BA.2疑い株１検体を検出しています。
オミクロン株のBA.1にありBA.2には存在しない「ins214EPE」変異*の有無の確認による検出法を開発し、1月31日搬入分の検体から検査を開始しました。２月１７日の時点で検体中１検体からBA.2疑い株の検出に成功しました。
（第79回）東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議資料変異株PCR検査について より
*ins214EPE変異:スパイク蛋白の214番目のアミノ酸の後に3つのアミノ酸（EPE）の挿入がみられる変異を示しています。（Eはグルタミン酸、Pはプロリンというアミノ酸を表す略号です）
変異株スクリーニング検査で陽性となった株についてはゲノム解析を行い変異株を確定します。
・オミクロン株の亜系統「BA2.12.1系統」と「BA.5系統」、「BA.1系統とBA.2系統の組換え体」の確認について（第3264報）
- N501Y変異株スクリーニング実施状況（令和3年7月1日モニタリング会議資料抜粋）
新型コロナ保健医療情報ポータル 変異株情報＞変異株について
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