当センターでは、2020年12月からリアルタイムPCRによる新型コロナウイルスの変異株スクリーニング検査を行っています。この検査ではアルファ株（B.1.1.7）、ベータ株（B.1.351）、ガンマ株（P.1）のスパイク蛋白に共通して現れるN501Y変異、ベータ株、ガンマ株、R.1株に見られるE484K変異、デルタ株（B.1.617.2）に現れるL452R変異の有無を確認してきました。 

　現在流行中のJN.1変異株についてはスパイクタンパクを合成する遺伝子の455番目に当たるアミノ酸がロイシン（L)からセリン（S）に変化するS:L455S変異を持つ事を指標に変異株スクリーニングを行っています。

その後、新たな変異株、オミクロン株の発生の報告を受けてセンター独自の変異株PCR検査手法を開発し、2021年12月3日より当該ウイルスの検査を開始しました。この方法ではL452R，N501Y，E484Aの変異の有無を検出することで、新型コロナウイルスがオミクロン株、デルタ株、アルファ株のいずれに該当するか推定することが可能となりました。

東京動画（東京ウィークリーニュース） 
参考： 研究年報　第72号リアルタイムPCR法を用いたSARS-CoV-2変異検出法の検討

 WHOの定義する「監視下のオミクロン亜系統」5月８日指定更新

オミクロンVOCが世界中で広く伝播し、それに伴いウイルスの多様性が増大することが予想されることから、2022年7月13日よりWHOはVOCの亜系統追跡システムに「監視下のオミクロン系亜系統」 （Omicron subvariants under monitoring）という新しいカテゴリーを追加し、優先的に注意と監視を必要とする亜系統を指定しました。

当センターでは下記の検査法を開発し、上記亜系統を含む検査を開始しました。

【令和5年度】東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議・分析資料
（第117回）東京都新型コロナウイルス感染症モニタリング会議資料（令和5年4月28日）

  05　変異株検査 （PDF 394.1KB）