当センターでは、2020年12月からリアルタイムPCRによる新型コロナウイルスの変異株スクリーニング検査を行っています。この検査はアルファ株（B.1.1.7）、ベータ株（B.1.351）、ガンマ株（P.1）のスパイク蛋白に共通して現れるN501Y変異、ベータ株、ガンマ株、R.1株に見られるE484K変異、デルタ株（B.1.617.2）に現れるL452R変異の有無を見ています。 

出典：第62回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和3年12月8日）資料

　また新たな変異株、オミクロンの海外流行の報告を受け、センター独自の変異株PCR検査手法を開発し、2021年12月3日より検査を開始しました。この方法ではL452R，N501Y，E484Aの変異の有無を検出することで新型コロナウイルスがミクロン株、デルタ株、アルファ株のいずれかを推定することが可能となります。変異株スクリーニング検査で陽性となった株についてはゲノム解析を行い変異株を確定します。

・ 新型コロナ保健医療情報ポータル  変異株情報＞変異株について

当センターにおける都内変異株スクリーニングの検査結果

　また、当センターでは次世代シーケンサーを使用した新型コロナウイルスの全領域遺伝子解析を併せて実施しており、新たな変異株の出現にも柔軟に対応できる体制を整えています。東京都におけるデルタ株は。パンゴ系統のAY.29型がほとんどを占めており、これは日本独自の型になります。

参考：東京都で検出された新型コロナウイルス の全ゲノム解析結果について（更新：AY型対応）

我が国における変異株分類の更新について

10月28日国立感染症研究所より新しい変異株の分類が公開されました。WHOやCDCの暫定定義を準用しつつ国内の流行状況を勘案したものと思われます。「懸念される変異株（VOC）」、「注目すべき変異株（VOI)」に加え、「監視下の変異株（VUM)」が設けられ、疫学的データでは現状不明であるがウイルス特性に影響を及ぼす変異を持った株や以前はVOI、VOCとされていたが現在では未検出が続いている等、公衆衛生的意義が薄れた旧VOC、VOIの数種ついてはこの分類において一定期間監視を行うとしています。

2012年11月24日国立感染症研究所はB.1.1.529株を　注目すべき変異株（VOI)に指定しましたが(SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統について)、同月26日に「懸念される変異株」（VOC)に変更しました（SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統（オミクロン株）について（第２報）。