病原細菌研究科では、結核、百日咳、ジフテリア、流行性脳脊髄膜炎、レンサ球菌感染症や劇症型溶血性レンサ球菌感染症、また、梅毒、淋菌や性器クラミジア感染症などの性感染症、動物とヒトとの間で感染する人獣共通感染症、及び各種の寄生虫に関する試験検査・調査研究を行っています。
感染症法に基づき、ジフテリア、レジオネラ症、百日咳等の呼吸器系感染症、劇症型溶血性レンサ球菌感染症、侵襲性肺炎球菌感染症、カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症(CRE)や狂犬病、レプトスピラ症、ブルセラ症等の人獣共通感染症の起因菌を対象とした試験検査・調査研究を行っています。また、医薬品・医療器機等の細菌学的試験検査等も行っています。
東京都の結核対策に基づき、結核菌感染診断法であるインターフェロン-γ測定(QFT)検査や、結核菌・非結核性抗酸菌の分離・同定・薬剤感受性、遺伝子型別等の試験検査・調査研究を行っています。また、都の性感染症対策に基づく梅毒、淋菌、性器クラミジア等の性感染症の試験検査、感染症発生動向調査における細菌学的試験検査ならびに血清学的試験(血中抗体価の測定等)により小児予防接種DPT(ジフテリア、百日咳、破傷風)の流行予測調査を行なっています。
アニサキス、横川吸虫、裂頭条虫、回虫、クドア,ザルコシスティス等の食品媒介寄生虫の他、赤痢アメーバ、ジアルジア、マラリア等の感染症としての寄生虫の試験検査・調査研究を行っています。