昭和24年3月

　厚生省から「地方衛生研究所に関する設置要綱」が通達されたことにより、都立衛生研究所を設置。

平成10年5月

　別館竣工。

平成15年4月 

　健康安全研究センターを設置。（都立衛生研究所、食品指導センター、中部薬事衛生事務所、東部薬事衛生事務所、薬用植物園、市場衛生検査所多摩6出張所を統合）

平成17年3月

　広域監視部の東部薬事衛生事務所を廃止。

平成17年4月

　広域監視部医療機器監視課を設置。

平成18年4月

　微生物部に疫学情報室を設置。

　環境保健部の薬理研究科と病理研究科を統合し、生体影響研究科を設置。 

平成19年4月

　広域監視部建築物監視指導課を設置。

　多摩支所の理化学研究科と微生物研究科を統合し食品衛生研究科を設置。

平成20年4月

　企画管理部の庶務課と計画調整課を統合し、管理課を設置。

　環境保健部の環境衛生研究科と水質研究科を統合し、水質・環境研究科を設置。

平成21年4月

　環境保健部の水質・環境研究科を改め、環境衛生研究科を設置。

平成24年4月

　企画管理部を企画調整部とし、健康安全部、企画管理部及び疫学情報室から組織を一部統合して健康危機管理情報課を設置。

　医薬品部と環境保健部を統合して、薬事環境科学部を設置。

　微量分析研究科を廃止。

　多摩支所を廃止。

　広域監視部に食品監視第一課、食品監視第二課を設置。

平成24年5月

　本館竣工。